天京事变，在杨秀清、韦昌辉相继被杀后，洪秀全犯了一个致命的错误，没有出面保护秦日纲等亲信，导致石达开一家独大，使得太平军再次分裂。 1856年的天京，本应沉浸在攻克江南大营的庆功氛围里，东王杨秀清却用一场猝不及防的 “天父下凡” 仪式，引发了后果严重的连锁反应。 作为太平天国军政大权的实际掌控者，杨秀清自定都天京以来，专横跋扈的本性暴露无遗。 北王韦昌辉的族兄只因一桩财产纠葛触怒了杨秀清，就被施以五马分尸的酷刑；翼王石达开的岳父黄玉崑，仅仅因为在公务中与杨秀清据理力争，就当场被杖责三百，就连一同在场的燕王秦日纲和天官正丞相陈承瑢，也被无故牵连，受到了惩处。 洪秀全虽贵为天王，但每当杨秀清以 “天父附体” 的名义下达指令时，他却不得不躬身听命。 到了后来，杨秀清愈发得寸进尺，甚至逼迫洪秀全前往东王府，要求洪秀全封自己为 “万岁”。再也无法容忍的洪秀全，暗中写下密诏，紧急召韦昌辉、石达开和秦日纲返回天京。 韦昌辉带领三千精锐士兵，连夜奔赴天京，在城外与秦日纲部队顺利会合，而负责天京防务的陈承瑢，则打开城南城门，等候他们入城。 1856年9月2日凌晨，韦昌辉等人带兵杀入东王府，杨秀清连同府内数千名人被杀，就连杨秀清的几十个妻妾，也没能躲过这场劫难。 韦昌辉接着搜捕 “杨秀清同党” 的借口，在天京城内展开了大规模的屠戮，先后有两万多人被杀。 石达开得知发生惨剧后，立刻赶回天京，看到城内的惨状，他当面严厉指责韦昌辉的残暴行为，却没想到韦昌辉杀上头，连他也想要除掉。 石达开见情况不妙，只能在深夜用绳索从城墙上缒下逃脱，而他留在天京的家人，却全部被韦昌辉所杀。 石达开逃到安庆后，随即率领部队起兵，要求诛杀韦昌辉以平息民愤，天京内外的太平军将士纷纷响应石达开。 洪秀全见局势对自己极为不利，立刻转变了之前的态度。 11月2日，洪秀全下令诛杀韦昌辉及其心腹两百多人，并将韦昌辉的首级装在盒子里，送到石达开的军营中，让石达开 “验明正身”，以此表明自己平息叛乱的决心。 但此时的石达开，却提出了苛刻的条件：必须处死秦日纲和陈承瑢，否则他绝不返回天京辅佐朝政。 这个要求让洪秀全陷入了两难境地。秦日纲是洪秀全的心腹，当年洪秀全在紫荆山活动时，亲自从矿工中发掘出秦日纲，秦日纲也是唯一一位与洪秀全有直接招募关系的王爷。 陈承瑢是天京城里少有的有才能的官员，并且是第一个向洪秀全密报杨秀清有谋反之心的人。 起初，洪秀全还想留下秦日纲和陈承瑢，利用他们来制衡石达开，毕竟秦日纲和石达开早在贵县时期，就已经结下了很深的矛盾，正好可以借助这种矛盾形成权力制衡的局面。 但当时石达开手握重兵，天京的军民也纷纷他主持太平天国的军政，在这样的压力下，洪秀全最终选择了 “弃卒保帅”。 11月底，秦日纲和陈承瑢被押往刑场处决。洪秀全在事后，也对自己的决定感到十分愧疚，后来特意将秦日纲的四个弟弟封为王爵，这也算是一种隐晦的补偿。 诛杀秦日纲、陈承瑢之后，石达开按照约定返回天京辅佐朝政。但经历了杨秀清擅权、韦昌辉叛乱之后，洪秀全的猜忌之心已经深入骨髓，他再也不敢信任异姓王。 于是，洪秀全悄悄加封自己的大哥洪仁发为安王、二哥洪仁达为福王，让这两个毫无能力的兄弟，在朝政上处处牵制石达开，甚至试图夺取石达开手中的兵权。 1857年6月，再也无法忍受洪秀全猜忌和牵制的石达开，返回驻地并带着十万大军（一说二十万）自行行动。 直到这时，洪秀全才意识到问题的严重性，他急忙削去洪仁发、洪仁达的王爵，还派人送去 “金牌”，恳请石达开返回天京，但此时的石达开早已心灰意冷，洪秀全的挽回已经无法改变石达开离开的决心。 此后的太平天国，陷入了恶性循环：石达开率领部队转战各地，最后于1863 年在大渡河畔陷入绝境，最终全军覆没。 而天京方面，洪秀全一味重用洪氏宗亲，并且大肆封王，导致凝聚力大不如前。 洪秀全当年放弃秦日纲，表面上看似平息了一时的危机，实际上却斩断了可靠的助力，导致石达开一家独大，为了解决后续问题，洪秀全又连连做出错误的选择，导致大局再也难以挽回。
