吕文君累计出战512场，贡献118球63助攻，随队获4次中超冠军、1次足协杯冠军、1次超级杯冠军。 2000年7月7日，11岁的吕文君进入崇明根宝足球基地，为基地首批学员。 2005年，上海东亚俱乐部成立，吕文君进入俱乐部建制。 2006年，17岁的吕文君代表上海东亚出战中乙联赛，完成职业首秀；赛季贡献6球3助攻。 2007年中乙决赛，第89分钟吕文君接武磊传中头球破门，1-0绝杀火车头体协，助队夺冠升甲。 2009年全运会男足决赛，吕文君进球，助上海队夺冠。 2012年，吕文君以主力身份助上海东亚夺得中甲冠军，冲超成功。 同期，吕文君与武磊、朱峥嵘组成前场组合，被称作文武峥嵘；因身体与抢点特点，被称为崇明德罗巴。 2013年，吕文君身披11号球衣开启中超生涯。 2014年中超第二轮上海德比，吕文君倒挂金钩破门；因庆祝动作被停赛4场。 2018年11月7日中超第29轮，吕文君禁区左侧内切右脚远角破门，助队2-1胜国安，提前一轮夺得队史首座中超冠军。 2019年10月，吕文君入选国足选拔队集训名单，未进入东亚杯最终23人名单。 2024年中超对阵海牛，吕文君替补登场，完成代表海港第500次出场；奥斯卡将队长袖标交予他。 2024赛季，吕文君随队获中超冠军、足协杯冠军，成就双冠王。 2025赛季结束后，吕文君正式退役；职业生涯仅效力上海海港（含前身上海东亚），累计出战512场，贡献118球63助攻，随队获4次中超冠军、1次足协杯冠军、1次超级杯冠军。 退役后，吕文君出任崇明根宝基地1314梯队主教练。
