1393年，蓝玉被处死当天，朱元璋走进牢房，屏退左右，对蓝玉低声说了一句：“你的小儿子，朕已送往云南，由沐英照看。”蓝玉心头一沉，颤声道：“陛下，我儿子怕是到不了云南吧！” 洪武二十一年春，蓝玉带领十五万明军深入蒙古，在捕鱼儿海附近发起突袭，成功击溃北元主力。明军俘获北元皇子、妃嫔及官员上百人，民众七万余众，还缴获传国玉玺和大量金银印信。北元皇帝脱古思帖木儿仅带数十骑逃脱，不久身亡。 这场胜利让朱元璋大喜，称赞蓝玉功绩比肩汉唐名将，封凉国公并重赏。蓝玉回师途中却出现问题，夜间抵达喜峰关时守军未及时开门，他下令砸毁城门强行通过。另有记录显示他侵犯俘获的北元王妃，导致该妃自尽。 这些行为传到朱元璋耳中，引起不满。蓝玉还强占东昌等地民田，驱逐前来核查的官员，在军中擅自升降将校，不上报朝廷。 朱元璋对此多次斥责，但蓝玉未完全收敛，继续我行我素。实际上这些问题积累下来，成为后来案发的导火索之一。蓝玉的军事胜利本是荣耀，却因后续行为削弱自身地位。 蓝玉与太子朱标关系密切，曾私下提醒太子注意燕王朱棣在京举动。1392年太子朱标病逝，朱元璋面临继承难题，最终选择年幼皇孙朱允炆为皇太孙。为保障孙子未来统治，他开始清除潜在威胁，包括手握重兵且桀骜的功臣。 蓝玉作为老将，战功卓著却与新君亲近度低，加上此前骄纵记录，自然成为重点对象。朱元璋通过锦衣卫监控，逐步收紧对武将控制。蓝玉被控谋反后，案情迅速定谳，他被处以剥皮填草酷刑，皮制人形示众，头颅传送各地。 整个蓝玉案牵连约一万五千人至两万人，包括一公十三侯二伯及众多文武官员。朱元璋颁布逆臣录，列出涉案名单，以儆效尤。这场清洗延续数年，杀戮规模巨大。许多开国元勋如傅友德等也受波及。说起来，朱元璋此举加强皇权集中，但也造成军中将才凋零。 蓝玉案爆发于洪武二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛举报谋反，蓝玉随即下狱，三天内定罪处决。审讯中牵出多名将领同党，罪名包括私通外敌、擅权植党等。朱元璋借此机会大规模株连，抄没家产，诛杀家族男丁。蓝玉本人凌迟或剥皮后，人皮填草悬挂城门三年。
