1861年，肃顺被押到宣武门菜市口行刑，没想到他坚决不跪，并怒斥慈禧是祸国殃民的妖妇，最终他被打断膝盖骨，并提前行刑，死时仅仅只有45岁。 英法联军攻入北京前夕，咸丰帝仓皇北逃承德避暑山庄。彼时局势混乱，军政事务繁重，咸丰帝临行前将军政大权交由肃顺等人处理。 肃顺在撤离前亲自处理京中防务，稳定局面，颇得民心。也是在这一阶段，他主张任用曾国藩、胡林翼等汉族重臣，支持其编练湘军、整肃财政。 此举一度遭到满洲贵族反对，但肃顺坚持己见，不愿妥协。 等咸丰帝病重之时，他立下遗诏，将年幼的皇太子载淳托付给八位大臣，其中以肃顺为首。肃顺本以为掌有遗诏，可保局面稳定，不料慈禧太后联合恭亲王奕訢， 在政变中反掌权柄。慈禧扣押遗诏，不予盖章，肃顺赶赴热河催促，慈禧借机提出“垂帘听政”要求。肃顺不允，二人正面冲突。 政变爆发后，肃顺与载垣、端华等被捕入狱。入狱之时，肃顺还不信慈禧能杀他，曾对狱卒大喊：“吾手握遗诏，身为顾命，谁敢妄动？” 但奕訢调兵入京后局势全变，慈禧宣布肃顺“擅权误国”，赐死。 临刑那天，他一路高喊不服，押解至菜市口不肯下跪。刑场上，肃顺朝北大喊：“咸丰皇帝知我忠心，吾死不足惜！”因不肯伏法，行刑人用木杵击断其膝，强迫其跪地。 临死前，肃顺怒视北方，眼不闭，令人侧目。 肃顺之死，是辛酉政变后权力更替的标志。他的失败，并非全因刚愎自用，而是过于轻视慈禧太后的政治谋略。 他从未料到，一位皇帝宠妃能翻转乾坤，彻底改写晚清朝局。 而从此后，清廷的政令，不再出自军机处，朝纲被垂帘所主，慈禧太后真正走上了权力巅峰。
