与清朝的兵部只是皇帝及内阁的执行机构类似，军政部、军令部名义上也是抗战时期国民党军政管理、军令指挥的最高职能机构，实质上不过是监督执行的“二传手”而已，实际对军队的管理权、调动权都集中蒋校长及他的侍从室。 国民党在抗战时期的军政管理和军令指挥，看起来分工清楚，军政部管部队行政，比如征兵、装备采购，军令部管作战计划和情报汇总。这些部门在重庆大楼里办公，部长们每天批文件、下指令。可实际上，这些机构就是个传话筒，军队人事和调动全在蒋手里，通过侍从室来办。侍从室像清朝军机处，蒋坐镇发号施令，侍从们把他的指示转成公文，分发下去。 军政部长何应钦和军令部长徐永昌，就跟清兵部尚书差不多，只能按上面来的指令执行，没法自己决定大事。比如1938年武汉战役前，蒋通过侍从室下令固守，何应钦就算有不同意见，也得照办，调整后勤。侍从室第一处主任比如贺衷寒，像清首席大学士，把蒋的口头话变成文件，推动流程。侍卫长俞济时，奉化老乡，管蒋安全，像清领侍卫内大臣。重庆卫戍司令刘峙，管市区治安，像清九门提督。侍从室密电组毛庆祥管监控通讯，像雍正粘杆处，军统局也干类似活。 参谋总长朱培德、何应钦、白崇禧、程潜，这些人地位高，但多是荣誉头衔，像清三公，没实权。白崇禧和程潜管桂林、天水行营，监管几省，像钦差大臣，但大事还得侍从室批。战区司令长官顾祝同第三战区、张发奎第四战区、陈诚薛岳第九战区、朱绍良胡宗南西北，像清总督，前线指挥部队，但调动需蒋批准。财政部宋子文孔祥熙管钱，像清户部，受侍从室管。这种权力集中，让国民党运作跟清朝差不多，正式部门只是执行工具。 侍从室从1933年南昌行营开始，起初叫侍从高级参谋室，管警卫、秘书、副官、保卫。1936年改组成第一第二处，抗战爆发后1938年加侍三处，职能扩大到情报过滤、决策辅助、机密任务执行、联系党政军和社会。侍从室虽小，但地位高，凌驾各部门之上，是蒋集权工具。 抗战后期，还设机要室，蒋直接管。侍从室成员多黄埔系或亲信，级别不高但权力大，常降级使用。蒋用它绕过正式渠道，直接干预军务。军政部军令部名义上最高，但实际受侍从室制约，何应钦徐永昌只能监督执行。侍从室像军机处，帮蒋处理公文、情报，影响决策。国民党这种结构，表面现代化，实则权力高度集中蒋一人，类似清皇帝。 抗战胜利后，国民党内部矛盾增多，蒋1945年取消侍从室，改成战略顾问委员会，但还通过亲信控军务。1946年内战打响，国民党军在东北中原败仗连连，兵力分散、指挥混乱。1947年辽沈战役，国民党部队损失惨重。1948年淮海战役，被围部队溃败。 1949年渡江战役，长江防线破，国民党退台湾。蒋在台北重建政权，继续独裁，设类似侍从室机构。侍从室这种集中权力方式，在内战中暴露问题，情报不准、决策迟缓、内部派系斗争加剧失败。国民党失败原因多，腐败、经济乱、失民心，但侍从室集权也让灵活性差，无法适应快速变化战局。
